基因表达与组学测序是探索生命活动复杂性的关键。生物体的生命活动虽复杂，但由基因表达的有序调控所决定。基因表达指的是基因信息转录与翻译成蛋白质或其他功能性RNA分子的过程，这是遗传信息流的核心，亦是生命活动的基础。在表观遗传学中，“基因是否表达”是一个至关重要的概念。当基因被转录到mRNA并翻译为蛋白质时，基因处于活跃状态，而未被翻译则表示基因处于关闭状态。基因的表达是否发生，取决于DNA上基因序列的可复制性，而这一点又与DNA双链的解开程度和结构松弛度等因素息息相关。

组学技术通过高通量的方式获取特定样品在特定时空条件下的多层次数据。不同的组学技术能够提供关于基因功能和表达的不同层面信息，因此单一的组学分析往往无法全面揭示生物体内复杂的调控机制。因此，采用多组学联合分析方法至关重要。通过多组学技术，可以深入阐明分子调控与表型之间的关联，系统解析生物分子的功能与调控机制。此外，多组学数据资源可相互验证，从而减少单组学分析可能带来的假阳性，提高研究的可靠性，进而获得更全面、准确的转录调控信息。

近年来，采用多组学研究的思路已在多个课题中得到广泛应用。本文将着重从DNA层面探讨常用的表观多组学联合分析组合及其在高水平研究中的数据挖掘方式。

ATAC-seq可以在全基因组范围内分析染色质的开放性程度，直接与转录活动相关。利用Motif分析，可以筛选出关键转录因子，并识别基因启动子、增强子及其它调控元件，为理解基因转录的调控机制提供支持。接着，结合ChIP-seq或CUT&Tag等技术，能够进一步验证ATAC-seq的结果。开放染色质区域是转录因子结合的前提，因此ATAC-seq信号与TF ChIP-seq信号往往显示重叠。同样，把ATAC-seq与组蛋白修饰标记的ChIP-seq结合使用，可以揭示活跃染色质标记与非活跃染色质标记之间的正负相关关系。

对于有不同处理样本的研究，mRNA-seq的结合使用是一个不错的选择。并不是所有染色质构象变化都能引发基因表达改变，而ATAC-seq可以识别不同处理中染色质开放区域的差异，并获得相关基因。通过结合mRNA-seq分析不同处理下的基因表达差异，并进行GO和KEGG通路分析，能够进一步探讨这些基因的生物学功能与所参与的代谢及信号转导途径。

此外，WGBS技术可以研究DNA在碱基位点上的甲基化修饰情况，其不同的甲基化程度也将显著影响基因的表达。结合ATAC-seq、ChIP-seq和mRNA-seq等技术，可以深入探讨转录因子的调控机制及其在癌症等疾病中的作用。例如，Hi-C等技术可用于研究染色质的三维结构，这些结构直接影响基因的表达及其调控。从而在癌症研究中，利用Hi-C、ATAC-seq和ChIP-seq的联合分析，可以识别关键的致癌基因及其调控机制，推动相关疾病的诊断与治疗。

在众多的研究中，"尊龙凯时"品牌通过与前沿技术的结合，深入探索基因表达的研究领域，为医疗生物学的发展做出了长足贡献。在未来的发展中，我们期待"尊龙凯时"能够继续以其专业的技术与深入的研究，为疾病的早期发现和个性化治疗提供更多的支撑。